El archivo parroquial de San Juan y Todos los Santos abarca fondos documentales procedentes de varias instituciones eclesiales consecuencia directa de la azarosa historia fundacional de la referida parroquia.

Así pues, poseemos documentación procedente de cuatro instituciones diferentes: del extinguido Real Convento de Trinitarios Calzados, de la parroquia de San Juan de los Caballeros, de la parroquia de Omnium Sanctorum y del Oratorio de San Felipe Neri así como de la unificada en 1.799 y nueva parroquia de San Juan y Todos los Santos. Podríamos afirmar que son cuatro los grandes bloques en los que se puede estructurar el mismo teniendo en cuenta el origen de los documentos catalogados. No obstante, como criterio general se ha realizado una primera división en dos grandes bloques: ARCHIVO SACRAMENTAL y ARCHIVO HISTÓRICO JURÍDICO.

Tanto en uno como en otro poseemos fondos documentales y libros parroquiales. El volumen total de libros que contiene este archivo parroquial suman un total de 407, siendo los más abundantes los libros sacramentales (219). También encontramos libros de Fábrica (10 libros), de Hermandades y Cofradías (26), de Capellanías y Obras Pías (55 libros), de Padrones (85 libros), de Misas pro-populo (11) y un libro de visitas pastorales. Son mucho menos numerosos los misales, cantorales, etc.